نصب بالابر، جانمایی صندوق و ایجاد حفره، ارتعاش و تضعیف جرز دیوارها، در بازار هنر سبب شده این بنای ۴۰۰ ساله با خطر جدی تخریب مواجه شود. گرچه بازار هنر اصفهان به ظاهر شرایط خوبی دارد و طلافروشی‌ها به سر و روی و پشت‌بام بازار رسیده‌اند، اما در زیر دکورسازی این طلافروشی‌ها اتفاقاتی افتاده و جرز‌های بنا را تضعیف و در معرض تهدید بیشتر قرار می‌دهد.
طبقه بالای حجره‌های این بازار هم به کارگاه‌های زرگری تبدیل شده که با وجود کپسول‌های گاز، هر لحظه امکان انفجار آن می‌تواند منجر به تخریب این بنای نفیس شود.
محمود درویش، عضو انجمن مفاخر معماری ایران درباره آنچه اصالت بازار هنر را تهدید کرده می‌گوید: مستاجر در تمام قرارداد‌های اجاره حق هیچ‌گونه تغییر در معماری و فضای مورد استفاده را ندارد. مالک بازار هنر، اوقاف است و بازاریان همگی مستاجر هستند، نظارت آثار تاریخی هم که بر عهده میراث فرهنگی است، ولی چگونه در این تغییرات برای یک اثر صفوی رخ داده و مسئولان توجهی به آن ندارند.
استان اصفهان به عنوان قطب گردشگری کشور با ۱۰۷ شهر و هزار و ۹۳۴ روستا با بیش از ۲۲ هزار بنا و اثر تاریخی شناسایی شده است که هزار و ۸۵۰ مورد آن به ثبت ملی و چهار اثر آن ثبت جهانی شده است.